Type de stage
Stage de Master 2/ dernière année d’école d’ingénieur
Dates / durée
4 à 6 mois, 1er semestre 2027
Contexte
La sclérose latérale amyotrophique (SLA) entraîne une dégénérescence des motoneurones qui se traduit par une dénervation progressive des muscles squelettiques, une atrophie et un remodelage musculaire. Quantifier précisément ce remodelage est difficile avec les techniques d’imagerie conventionnelles. Des acquisitions d’imagerie synchrotron en tomographie de pattes de souris ont été réalisées sur des animaux sains (WT) et transgéniques SOD1, un modèle classique de SLA. Ces données offrent une résolution spatiale suffisante pour résoudre individuellement les fibres musculaires et caractériser l’architecture tridimensionnelle de chaque muscle. En parallèle, des acquisitions échographiques ont été obtenues sur les mêmes animaux. Le projet dans lequel s’inscrit le stage vise à établir de nouveaux biomarqueurs de la SLA avec l’échographie. Dans ce cadre l’imagerie synchrotron sert de référence haute résolution.
Objectif
Le ou la stagiaire aura en charge l’exploitation des données synchrotron existantes. Il ou elle devra segmenter le triceps sural sur les volumes tomographiques, développer des algorithmes en python de cartographie de l’orientation et du diamètre des fibres musculaires, produire des rendus 3D de ces cartes et comparer les résultats entre souris WT et SOD1. Les segmentations seront aussi comparées aux segmentations issues des acquisitions ultrasonores des mêmes animaux.
Mission(s)
- Revue de la littérature (architecture musculaire, SLA, traitement d’image)
- Développement d’algorithmes python pour la segmentation et l’extraction de paramètres architecturaux du muscle
- Rendus visuels 3D
- Analyses statistiques
Ce stage sera réalisé au sein de l’équipe Médecine et Ultrasons et encadré par Quentin Grimal et Christine Chappard. Le stage est financé dans le cadre d’un projet financé par l’ARSLA.
Compétences
Nous recherchons un(e) étudiant(e) en Master ou école d’ingénieur intéressé-e par l’imagerie biomédicale et le traitement d’images. Il ou elle aura de préférence une formation en ingénierie biomédicale, traitement du signal, informatique ou imagerie médicale. Une pratique solide de python est un plus.
Rémunération
Gratifications de stage mensuelles + remboursement partiel d’un titre de transport mensuel (environ 550-600€/mois).
Contact
Les candidats sont invités à contacter Quentin Grimal (quentin.grimal[at]sorbonne-universite.fr) et Christine Chappard (christine.chappard[at]inserm.fr) en incluant une lettre de motivation, un CV et les relevés de notes du M1. Une précédente réalisation (par ex. un rapport de stage) pourra être demandée.
Lieu du stage
Sorbonne Université, Laboratoire d’Imagerie Biomédicale (LIB) CNRS 7371 – INSERM 1146. 15, rue de l’École de Médecine 75006.
