! STAGE POURVU !
Type de stage
Stage de Master 2 : Biomedical Engineering, traitement d’image
Date ou durée du stage
Durée du stage 6 mois à pourvoir dès janvier 2025
Contexte
L’échographie musculo-squelettique en mode B donne l’accès aux structures anatomiques qui font l’objet d’une description sémiologique des différentes lésions observées et a bénéficié ces dernières années d’une amélioration de la qualité des images en contraste et en résolution. L’échographie est avant tout une imagerie d’interface, la diffusion ou speckle générée à l’intérieur des tissus entraînant des variations de niveaux de gris n’est pas exploitée. Les niveaux de gris peuvent être analysés statistiquement par des méthodes statistiques d’ordre 1 qui ne concerne qu’un seul pixel à la fois. L’analyse de texture prend en compte 2 ou plusieurs pixels et renseigne sur les propriétés locales de l’image, identifie des phénomènes de périodicité et de motifs particuliers. Les paramètres de texture ne dépendent pas de l’intensité des niveaux de gris mais uniquement de leur variation.
L’analyse de texture n’a pas été étudiée dans le tendon et a déjà été explorée en 2D dans le muscle. Néanmoins, la reproductibilité est limitée affectant la sensibilité de la méthode ce qui en limite le développement.
L’approche 3D permet de mieux rendre compte de la complexité de la structure interne et des contours. L’analyse de texture 3D permet de moyenner l’information sur un volume suffisant compte tenu du caractère hétérogène et anisotrope des tissus étudiés. La variabilité inter-opérateur reste un problème majeur de l’utilisation paramétrique des ultrasons ce qui peut être partiellement levée par l’imagerie 3D. Pour obtenir une image 3D, des systèmes de tracking permettent d’obtenir une image stable au cours d’un balayage. Nous testerons la solution « 3D free hand tracker » proposée par la Société Canon qui permettra de minimiser les effets de défaut du balayage de la sonde. Nous testerons 4 sites : le tendon Achiléen, le tendon rotulien, le gastrocnemius medial, et les para-spinaux.
Le muscle et le tendon présentent des architectures très proches avec une structure anisotrope remaniée au décours de divers processus pathologiques et peuvent faire l’objet de développements conjoints. Ce travail est purement exploratoire et technique.
Mission(s)
Les images ont été obtenues à l’hôpital de La Pitié Salpêtrière dans le service de rhumatologie avec un échographe clinique Canon performant. Le travail de l’étudiant consistera à analyser les images 3D avec une 1er étape de segmentation des muscles et tendons, à tester différentes méthodes d’analyse de texture d’ordre 1 et 2 qui peuvent se faire avec différents outils open source : Image j, Mazda, PyRadiomics, 3Dsclice radiomics, LIFEx. Nous différencierons l’analyse d’image intra-observateur et inter-observateur de celle de la chaîne de mesure à partir des acquisitions des 3 différents opérateurs. Les indicateurs pour mesurer la répétabilité tel que le coefficient de corrélation intraclasse, le RMSCV, RMSSD. Nous testerons la capacité de l’analyse de texture à différencier les 2 types de muscles et de tendons. Ce travail plein et entier fera l’objet d’une publication et s’inscrit dans une approche radiomique pour évaluer la qualité des muscles et des tendons dans le futur de façon automatisée.
Compétences
Connaissances en traitement d’images, outil de segmentation manuelle et automatisée, d’analyse de texture et de radiomique, connaissances en statistiques.
Rémunération
Gratifications de stage.
Contact
Chappard Christine
LIB 15 rue de l’École de Médecine 75006 Paris
tel : 0144279227
email : christine.chappard[at]inserm.fr