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Positionnement et objectifs scientifiques
Les glandes intestinales (appelées aussi cryptes de Lieberkühn) sont des structures histologiques importantes présentes dans le colon humain et qui ont comme rôle principal de sécréter des enzymes et d’absorber l’eau et les produits venant de la dégradation des aliments.
La morphologie des glandes intestinales est un indicateur important et significatif de la gravité des maladies inflammatoires chroniques de l’intestin (MICI) et également utilisait par les pathologistes pour évaluer la malignité et le pronostic de cancers colorectaux tels que les adénocarcinomes. L’extraction de caractéristiques significatives décrivant la morphologie des glandes repose sur une méthode de segmentation efficace. Le but de ce stage est d’étudier des méthodes basées sur la morphologie mathématique et la théorie des graphes pour la segmentation des glandes intestinales. Nous proposons une approche qui utilise la distribution spatiale des cellules dans le tissu pour la caractérisation des structures glandulaires . Les méthodes fondées sur les graphes et les méthodes combinant les outils de morphologie mathématique ont le potentiel de décrire efficacement l’architecture du tissu et fournir des informations spatiales permettant la segmentation des glandes.
Plan de travail proposé
- Etude bibliographique sur les méthodes existantes pour la segmentation des glandes en histopathologie numérique.
- Extraction et Analyse des paramètres morphologiques/topologique utiles pour la segmentation.
- Expérimentation et validation sur 3 bases de données différentes.
- Comparaison avec les méthodes existantes.
- Rédaction du rapport.
- Implémentation de l’algorithme en C++
Compétences souhaitées
- Bases mathématiques et traitement d’images
- Connaissances en Matlab, et programmation C/C++.
- Autonomie et esprit d’initiative.
Rémunération
Gratification de stage possible
Lieu du stage
Laboratoire d’Imagerie Biomédicale (LIB), 91 Boulevard de l’hôpital, 75013 Paris, FRANCE
Encadrement
Mots-clés
histopathologie numérique, segmentation, glandes intestinales, morphologie mathématique, théorie des graphes, architecture tumorale.
